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工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
工程预算审查结算工程量计算的准确性。根据经过多部门竣工验收而终确认的工程量和工程量计算规则，审查结算工程量的计算。工程量计算的是否准确直接影响着分包工程的计价。因此，在审查工作量时应正确划分项目，按照施工图的设计说明和 规定的计算规则计算，实事求是的反映真实工程量。审查定额子目套用和费率计取的正确性。首先，检查子目列项的名称、规格、计量单位与地区估价表是否一致，定额换算是否准确；其次，查看定额所列工程内容，检查套用的定额是否重复、高套或错套。审查取费标准或综合单价及费率与分包工程合同价格条款约定是否相符，综合费率是否准确，综合单价是否正确，套用综合单价的工程内容是否重复、交叉、错列。
济南工程预算大型土石方丁程：总价措施费按(分部分项工程人工费+单价措施项目人工费)×6.66%单独发包的地基处理、边坡支护工程：总价措施费按(分部分项工程人工费+单价措施项目人工费)×8.93%单独发包装改原始签证资料或虚列工程项目。有关单位工作人员在送审计资料时，私自涂改原始签证资料或虚列工程项目，企图蒙混过关 ，达到个人的。因此 ，审计人员必须仔细对照原始签证资料，认真核实每一份复印文件的真伪。增加工程是“猫腻”较多的地方 ，究其原因 ，主要是设计单位设计深度不够，建设单位责任心不强。有些承包商在“低价中标法”中不计成本得到工程后，为了弥补损失，千方百计增加工程签证，在利益诱惑下，某些项目管理者乱签证、补签证现象严重 ，审计人员一旦认真复核，通常会发现签证工程量与实际出入较大。饰工程：总价措施费按(分部分项工程人工费+暂估价中的材料、工程设备暂估单价可参考工程造价信息或市场价格确定。暂估价中的专业工程金额应区分不同专业，按有关计价规定进行估算。编制高投标造价价、投标报价时，暂估价中的材料、工程设备暂估单价应根据招标工程量清单中列出的单价计入综合单价；暂估价中的专业工程金额应根据招标工程量清单中列出的金额填写。
分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
