施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
工程结算审核主要对结算书编制合规性审核，并对照设计图纸、工程招标文件、投标文件与工程合同、预算及已批准的设计变更、洽商索赔等进行复核，检查是否有重复报项和甲供材料款少扣、漏扣等现象，确定结算内容的真实性。工程预算为保证工程竣工终通过政府审计，作为全过程造价咨询单位首先要为业主把好结算审核关。根据我公司长期对政府项目的工程审计经验，确定本项目工程竣工结算审核重点如下：审核施工合同中确定的建设标准、建设内容、合同价格是否与投标书承诺内容一致，是否控制在批准的初步设计及概算文件规定范围内。
工程预算的审核依据主要包括：
1、 有关工程建设和造价管理的法律、法规和方针政策。
2、施工图设计项目一览表、各专业施工图设计图纸和文字说明、工程地质勘察资料。
3、主管部门颁布的现行预算定额以及工程量清单计价规范。
4、施工组织设计或施工方案。
5、费用计算规则及取费标准。
6、预算工作手册或建材五金手册。
7、地区人工工资、材料及机械台班预算价格若有两次以上结算或签订两份以上合同产生两份以上结算时，在分次结算中要注意之前结算与之后结算的工程量衔接，之前结算一定要用文字或图示标（说）明已结范围和位置，之后结算要在结算前先核对之前各结算书已结时间段、位置和范围，避免重复。要求现场工程师在向成本控制中心报送资料中定要注明每次结算的实际施工位置或距离。
严防利用分包工程项目之间交叉施工内容，多家分头重复计算工程预算和虚增变更签证。一个总承包工程，往往由多家分包单位施工，有些分包单位利用两个或几个单位交叉施工，或利用分包工程结算项目较多，结算力量薄弱，不清楚现场施工情况，对现场变更签证辨别力差等原因，分头多计工程量和现场变更签证，造成工程量计算重复叠加，骗取额外工程价款。分包工程材料费的审计。对分包工程材料费的审计，重点是对分包工程材料的使用情况和费用计算进行审计。掌握分包工程材料使用情况。将分包单位领用的甲供材料数量与预算分析用量及施工图纸设计量进行分析对比，严防甲供材料的超领和浪费，只有杜绝建筑材料的浪费，才能确保总承包方的经济效益。